Il Museo, aperto al pubblico dal marzo dell’anno 2000, è ubicato nell’ex convento di San Francesco, complesso monumentale che risale al XIII secolo e che è stato ampiamente rimaneggiato nel corso del XVI secolo. L’allestimento, non ancora completato in tutte le sezioni, è organizzato secondo criteri cronologici.
La prima sezione è dedicata alle più antiche testimonianze restituite dal territorio ebolitano: alle evidenze risalenti al Neolitico Superiore segue l’illustrazione delle tombe rinvenute in località Madonna della Catena e databili nel periodo Eneolitico (facies cosiddetta del “Gaudo”). Le evidenze relative all’età del Bronzo documentano l’occupazione delle aree collinari da parte di piccoli insediamenti legati alle pratiche della transumanza e aperti ai contatti con l’esterno, come dimostra, per l’XI secolo a.C., la presenza di ceramica di tipo miceneo.
La seconda sezione è dedicata all’esposizione dei ricchi corredi funerari che, a partire dall’età del Ferro, dimostrano una sostanziale continuità di occupazione dell’insediamento di Eboli fino all’età romana, quando Eboli (Eburum) assume lo statuto di municipium.
Oltre alla documentazione relativa ad Eboli il percorso museale prevede una esemplificazione dei reperti rinvenuti nel comune di Campagna e ad Oliveto Citra. Il percorso espositivo si snoda su quattro sale occupate da arredi funerari e vasellame.
Nel chiostro è conservata la stele eburina, un cippo marmoreo di epoca romana riportante una dicitura in latino che attesta il titolo di municipio romano dell'antica Eburum anche se non con un latino molto corretto. Forse il latino, in quell'epoca, già iniziava a fondersi con lingue straniere.